Nhân vật chính Kudo Shinichi vốn là một vị rất có thanh danh học sinh cấp ba thám tử, đang nhìn kích áo đen tổ chức thành viên Vodka cùng một vị hội trưởng giao dịch về sau, bị một tên khác thành viên Gin từ phía sau tập kích, cũng bị trút xuống danh hiệu vì "APTX-4869" (a po to ki shi n4869) không rõ dược vật. Về sau mặc dù may mắn thoát khỏi tại chết, nhưng thân thể lại thu nhỏ vì tiểu học thời kỳ bộ dáng. Về sau hắn dùng tên giả vì Edogawa Conan, tại hàng xóm tiến sĩ Agasa theo đề nghị, sống nhờ tại thanh mai trúc mã Mori Ran phụ thân - thám tử Mori Kogoro trong nhà, tiếp tục bí mật xử lí truy tra áo đen tổ chức công việc, hi vọng có thể khôi phục lại Kudo Shinichi tướng mạo. Cùng lúc đó, Conan bằng chính suy luận thiên phú, phối hợp tiến sĩ Agasa vì hắn phát minh đạo cụ, trợ giúp Mori Kogoro trở thành nổi danh đại thám tử. Trong chuyện xưa cho ở trong xen kẽ rất nhiều tình yêu, hữu nghị, phạm tội, phản bội, báo thù vân vân tiết.
